O Encontro de Formação Integral (EFI) da RJE tem como objetivo colaborar com a formação integral dos estudantes da RJE fortalecendo as dimensões afetiva, espiritual, ética, comunicativa e sociopolítica através de uma experiência profunda de Deus, iluminada pelo modo de proceder Inaciano. A ideia da criação do EFI surgiu em março de 2015, quando o Grupo de Trabalho (GT) para Formação de Lideranças Juvenis Inacianas teve a sua primeira reunião presencial na sede da RJE, no Rio de Janeiro. A maioria dos membros do GT havia participado do curso colombiano Taller Arrupe, uma experiência promovida pela Federação Latinoamericana dos Colégios da Companhia de Jesus (Flacsi) e motivada na Espiritualidade e Pedagogia Inaciana para o fortalecimento do conhecimento pessoal, da espiritualidade, do trabalho colaborativo, do discernimento, da liderança e do compromisso com quem mais precisa, a partir de atividades teóricas – estágios pastorais e regionais para estudantes de 16 a 18 anos.
O resultado do trabalho do GT foi a elaboração de uma primeira proposta de um curso semelhante ao da Colômbia, mas adaptado ao contexto juvenil brasileiro. Assim, o Encontro de Formação Integral (EFI) contou com sugestões de mais de 40 jovens brasileiros, além das reflexões do Projeto Educativo Comum (PEC) da RJE, que foi publicado em 2016. O EFI foi aprovado em outubro de 2015, no Fórum de Diretores Gerais da Rede.
O EFI propõe suas exposições, dinâmicas, momentos de reflexão e partilha, inspirados na vida de Santo Inácio de Loyola e à luz dos Exercícios Espirituais, trabalhados em uma linguagem própria para os jovens de 14 a 17 anos. Os principais temas trabalhados são: autoconhecimento, liderança, técnicas de oratória, sustentabilidade, meios de comunicação, condições do trabalho no Brasil, além de experiências de voluntariado e imersão sociocultural. O EFI, desde a sua criação, está sempre atento aos novos contextos e desafios apresentados pelos estudantes e em alinhamento às diretrizes da Igreja e da Companhia de Jesus, como as Encíclicas Laudato Si’ e Fratelli Tutti, as Preferências Apostólicas Universais, o livro Colégios Jesuítas: Uma tradição viva, o PEC 2021 da RJE e a Política de Proteção aos Direitos da Criança e do Adolescente.
As duas primeiras edições do Encontro aconteceram na Vila Fátima, em Belo Horizonte (MG), nos anos 2016 e 2017. Já nos anos de 2018 e 2019, o EFI foi realizado na Casa de Retiros São José, em Mar Grande (BA). Em função da pandemia de Covid-19, o Encontro ficou dois anos sem acontecer e, desde 2022, a Casa da Juventude Joanin Rossetiem Vila Oliva, em Caxias do Sul (RS), tem recebido o EFI.